На одной из рабочих станций во время простоя жеский диск стал издавать щелчки. При нагрузке он работал нормально, SMART показатели тоже былы в норме. Оказалось, что проблема кроется в энергопотреблении — для её уменьшения жесткий дискво время простоя паркует головки, парящие над поверхностью магнитных пластин. Именно о его износе и говорят эти самые злополучные щелчки, плюс система начинает заметно подтормаживать.

Лечится эта проблема отключением Advanced Power Manager к примеру в программе hddscan либо утилитой hdparm - подробности здесь.

UPD. Найдена еще одна программа - http://sites.google.com/site/quiethdd/